Biyomühendislik programının temel amacı; biyomühendislik ve biyoteknoloji alanlarında iyi yetişmiş, küresel düzeyde gelişmeleri takip edebilen, disiplinlerarası çalışma becerisi kazanmış, etik değerlere sahip, yeniliğe açık, girişimci ruhlu biyomühendisler ve akademisyenler yetiştirmektir. Ayrıca, bölümün amaçları arasında, TÜBİTAK, BAP vb. kurumlardan, araştırma projeleri alarak bulunduğu şehrin ve ülkenin bilimsel gücünün ve Araştırma&Geliştirme (Ar&Ge) potansiyelinin artırılmasına katkıda bulunmaktır.
Biyomühendislik bölümü lisans programı çok disiplinli bir program olduğundan Mühendislik Fakültesi içinde yer alan Makine Mühendisliği ile Malzeme Bilimi ve Mühendisliği Bölümleri ve Fen Fakültesi bünyesinde yer alan Kimya, Biyoloji, Fizik ve Matematik Bölümleri ile yakın işbirliği içerisindedir.